De score op de Cito Eindtoets BasisOnderwijs speelt sinds schooljaar 2012 -2013 een kleinere rol  bij de keuze voor het Voortgezet Onderwijs. Het advies van de Basisschool weegt zwaarder, omdat men binnen de school na acht jaar volgen van de leerling beter zicht heeft op zijn sterke en zwakke punten. De Cito Eindtoets BaO is eerder een momentopname.

De vraag is, in hoeverre scholen voor Voortgezet Onderwijs mee gaan in het beleid om minder gewicht toe te kennen aan de score op de Cito Eindtoets BaO.