De Cito Eindtoets Basisonderwijs is ontstaan uit de “Amsterdamse Schooltoets”, die voor het eerst werd afgenomen in 1966 als toelatingsonderzoek voor het Middelbaar Onderwijs (dat nu “Voortgezet Onderwijs” heet). Vanaf 1968 bestond die toets alleen nog maar uit meerkeuzevragen.
Het CITO (Centraal Instituut voor ToetsOntwikkeling) ging in 1968 officieel van start en nam in 1970 de Amsterdamse Schooltoets over van het Research Instituut voor Toegepaste Psychologie. De naam werd toen veranderd in “Schooltoetsen Basisonderwijs.” Sinds 1976 spreken we van de “Eindtoets Basisonderwijs.”

In tegenstelling tot de Entreetoetsen, die meerdere jaren achtereen met dezelfde opgaven worden gebruikt, bestaat de Eindtoets ieder jaar uit volledig nieuwe opgaven.

Met de Eindtoets werden de volgende vaardigheden getoetst (tussen haakjes het aantal opgaven per onderdeel) :
TAAL: Schrijven van teksten (30), Spelling (20), Begrijpend lezen (30) en Woordenschat (20). 
REKENEN-WISKUNDE: Getallen en bewerkingen (25), verhoudingen-breuken-procenten (20), meten-meetkunde-tijd-geld (15).
STUDIEVAARDIGHEDEN: Studieteksten (10), Informatiebronnen (10), Lezen van schema’s-tabellen-grafieken (10), Kaartlezen (10).
WERELDORIËNTATIE: Aardrijkskunde (30), Geschiedenis (30), Natuuronderwijs (30).

Het onderdeel “Wereldoriëntatie” was optioneel/facultatief. Dit betekende, dat een school kon kiezen, of wereldoriëntatie wel of niet werd afgenomen. 

De Eindtoets Basisonderwijs is vanaf schooljaar 2023-2024 vervangen door de “doorstroomtoets.”